针对企业扣交补充养老保险的问题，《中华人民共和国社会保险法》及相关规定为您的权益提供了法律依据。
根据《社会保险法》第十二条“用人单位应当按照国家规定的本单位职工工资总额的比例缴纳基本养老保险费，记入基本养老保险统筹基金。职工应当按照国家规定的本人工资的比例缴纳基本养老保险费，记入个人账户”，补充养老保险虽非强制基本险，但企业扣交需有合法依据。若补充养老保险属于个人与企业共同缴费的福利型保险，参照《企业年金办法》第二十四条“职工离职后，企业年金个人账户资金可以转移；不能转移的，可由原管理机构继续管理”，企业无权无故扣交。对于企业统筹的补充养老，依据《社会保险费征缴暂行条例》第十二条“缴费单位和个人应当以货币形式全额缴纳社会保险费，缴费个人应当缴纳的社会保险费，由所在单位从其本人工资中代扣代缴”，企业仅为代缴主体，扣交行为违反“全额缴纳”原则。综上，企业无合法依据扣交补充养老保险的，您有权要求返还或转移。
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企业扣交补充养老保险可能引发两类法律风险，具体如下：
1. 企业扣交行为被认定违法的赔偿风险：例如，某企业2000年为员工建立补充养老保险，约定员工离职时可转移全部权益，员工2023年辞职后企业扣交98-2003年的补充养老保险共5万元，员工向劳动仲裁委申请仲裁，仲裁委认定企业违法，裁决企业返还5万元并支付利息（按银行同期贷款利率计算），企业需额外承担利息损失。
2. 员工无法享受养老待遇的经济风险：例如，某员工98-2003年个人缴纳补充养老保险3万元，企业扣交后未转移至新单位，员工退休时因补充养老保险金额不足，每月养老金比预期少800元，导致长期经济损失。
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企业扣交补充养老保险时，不少人会因操作不当导致权益受损，以下是2点常见错误操作：
1. 忽视证据收集直接与企业争吵：部分人发现扣交后直接与HR争吵，未留存补充养老保险的缴费记录、企业制度等关键证据，后续投诉或仲裁时因缺乏证据无法证明权益，导致诉求不被支持。
2. 超过维权时效：补充养老保险争议属于劳动争议，仲裁时效为1年（从知道或应当知道权益被侵害之日起算），若辞职后多年未主张，企业可能以时效届满抗辩，导致权益无法通过法律途径维护。
若您已出现上述错误操作，或不确定是否超过时效，可进一步向我们咨询补救措施。
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您提出的辞职后企业扣交98年至2003年补充养老保险的问题，核心是企业是否有权扣留补充养老保险，这需结合补充养老保险的性质和具体约定判断。
企业无权擅自扣交补充养老保险，您有权要求企业返还或协助转移相关权益。
1. 若补充养老保险属于企业自主建立的福利型保险（如企业年金前身）：需查看企业内部制度或双方约定，若约定员工离职时可转移或提取个人及企业缴费部分，企业扣交违法；若约定服务年限未满企业缴费部分不归属个人，企业仅可扣交未归属部分，个人缴费部分仍需返还。
2. 若补充养老保险是社保部门统筹的补充险种（如地方性补充养老）：企业作为代缴主体，扣交无法律依据，您可要求企业补缴至社保账户或直接返还个人缴费金额。
3. 若企业以您存在违约行为（如服务期未满离职）为由扣交：需企业举证违约事实及补充养老保险与违约的关联性，无明确约定时扣交不成立。

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